เมือง Zion ของมนุษย์ปกป้องตนเองจากการรุกรานของเครื่องจักรขนาดมหึมา ในขณะที่ Neo ต่อสู้เพื่อยุติสงครามที่แนวหน้าอีกด้าน ในขณะเดียวกันก็ต่อต้าน Agent Smith อันธพาลด้วย
